蚌埠站为线侧平式车站，主体为地上二层。车站一楼主要为进站综合服务厅和售票大厅，二楼主要为候车室，其中第一候车室作为下行特快和部分始发临客旅客候车使用，第二候车室作为上行列车旅客候车使用，第三候车室作为下行列车旅客候车使用，第三候车室进站天桥设有直达一站台的通道。