蚌埠南站建筑总面积为20000平方米，其中西站房总建筑面积为11998平方米；雨棚及天桥结构覆盖面积为50583.15平方米；一楼候车厅面积为2800平方米，二楼候车厅面积为1800平方米；一楼设有4个检票口，二楼设有8个检票口；共设9个办客站台。站台均长450米，1号基本站台宽15米，其它中间站台均宽12米；设计最大客流量为1500人次